Development and application of bioinformatic methods to analyze genome-wide expression and survival data from cancer patients

Résumé

El trabajo presentado en esta Tesis se centra en el campo de la Bioinformática y Biología Computacional aplicado a la investigación en cáncer, con un enfoque particular en el análisis e integración de datos ómicos y datos clínicos para mejorar la identicación de nuevos biomarcadores moleculares relacionados con el pronóstico de pacientes con cáncer. En particular, la principal hipótesis de nuestra investigación es la siguiente: "Si se consigue realizar un análisis detallado y robusto de datos de supervivencia de pacientes con cáncer, combinado con datos transcriptómicos derivados de las biopsias de tumores de dichos pacientes, se podrán descubrir de modo coherente y significativo nuevos "biomarcadores" genéticos moleculares directamente relacionados con la naturaleza y el pronóstico del cáncer específico de cada paciente". Para probar y desarrollar esta hipótesis, trabajamos en esta Tesis con muestras de los dos tipos principales de cáncer: cáncer de mama (BRCA, es decir, carcinoma de mama invasivo) y cáncer colorrectal (CRC). Estos tipos de cáncer son hoy en día los más frecuentes en Europa (https://ecis.jrc.ec.europa.eu/), representando en conjunto la mayor proporción de todos los tipos de cáncer.